Al rechazar la hipótesis de un reloj molecular universal que predice una divergencia molecular entre especies a tasa constante, se abre la posibilidad de investigar más detenidamente qué procesos influyen sobre la heterogeneidad de la tasa de sustituciones entre especies y/o familias de genes; y entre los planteamientos que deben considerarse en el nivel de especie están las diferencias en: las tasas metabólicas, la eficiencia de la reparación del ADN, la exposición a mutágenos tales como radiaciones ionizantes o sustancias deaminizantes, el ciclo generacional y, además, en diversas combinaciones de todas estas variables.

Por ejemplo, en un estudio realizado con once muestras del virus de la influenza A, recolectadas entre 1933 y 1985, se observó una tasa de sustitución de nucleótidos de 1.9 x 10^-3, comparativamente muy alta en relación con la mayoría de genes en organismos eucariotas, pero con un patrón de sustituciones acorde con la hipótesis del reloj molecular. Esta diferencia se puede atribuir a que el virus carece de un mecanismo de reparación de ADN comparable al de un organismo eucariota, lo que explicaría el mayor número de mutaciones acumuladas en un menor periodo de tiempo.

Un reto científico sería desarrollar nuevos modelos experimentales que incorporen otras variables; mecanismos de calibración para afinar las tasas de mutación génica relacionados con los registros fósiles y otro método para perfeccionar el concepto del reloj molecular que lo haga aún más útil para estudiar los procesos evolutivos, la diversidad genética y la ecología de conservación, entre otros temas.