Los eucariontes primitivos eran similares a la Giardia actual (parásito intestinal que carece de mitocondrias⁸), presentaban genomas pequeños, su historia evolutiva refiere que tienen 1500 años de evolución. Este dominio incluye todos los organismos formados por células eucariotas, desde las amibas hasta nosotros.

En una de las ramas de Eukarya se encuentran los hongos, uno de ellos se considera la criatura viva más grande sobre la Tierra: Armillaria ostoyae, un hongo comúnmente conocido como el hongo de la miel, el cual se extiende a lo largo de 5,6 kilómetros y cubre un área mayor a 1600 campos de fútbol, pero la mayoría de él está oculto bajo tierra. Se encontró en el Bosque Nacional Malheur, en el oriente de Oregon, EUA.

Los protozoarios forman otra de las ramas de Eukarya, con representantes como la calcarina, el protozoario unicelular más grande: una criatura que habita en el océano y puede alcanzar de 5 a 6 centímetros de diámetro, sorprendente, para ser una sola célula. Esto se debe en parte a sus cubiertas o caparazones que están generalmente divididos en cámaras, las cuales se añaden una sobre otra durante el crecimiento del protozoario; las cubiertas pueden estar conformadas por granos de arena, compuestos orgánicos y otras partículas adheridas o por calcita cristalina, el mismo mineral del cual están constituidas las conchas marinas.

También en este dominio se encuentran las algas –organismos acuáticos, las cuales presentan formas variadas y son consideradas como los representantes acuáticos del reino. Sus usos son muy diversos: agrícolas, industriales, terapéuticos y, principalmente, alimenticios. Algunas algas (como la agar-agar) intervienen en la preparación de sustancias gelatinosas utilizadas para el cultivo de bacterias y hongos, como agentes gelificantes para postres y confituras, como ingredientes en cosmética y dentífricos, entre otros. Además, de las algas marinas se extrae yodo; a partir de su combustión se produce ceniza rica en minerales, útil para fertilizar los suelos.

Como podemos observar, la vida es diversa y la mayor parte de esa variedad es pequeña, unicelular y extraña. El mundo pertenece a lo pequeño, de hecho, sin esta gran variedad de microorganismos, la vida de los seres macroscópicos no existiría: los procesos que hacen posible su existencia, como la producción de oxígeno o la degradación de la materia orgánica son llevados a cabo por los microorganismos. En realidad, nosotros sólo disfrutamos los beneficios que ellos nos proporcionan.