En algunas clasificaciones psiquiátricas, se habla de disforia de identidad de género , con lo cual se enfatiza que la persona tiene una afectación en el área del estado de ánimo, como resultado de la incongruencia entre los mensajes de su mente sobre lo que es y la información proveniente de su cuerpo (su imagen).

En la región del hipotálamo llamada preóptica, en la parte media, se encuentra un grupo de células encargadas de determinar la orientación de la preferencia sexual. El núcleo nervioso constituido por estas células presenta diferencias en tamaño, las cuales están relacionadas con el género. En los hombres heterosexuales este núcleo es más grande que en las mujeres heterosexuales; en el caso de los homosexuales tiene una dimensión similar a la de las mujeres, y en los transexuales, es aún más pequeño.

En la misma región preóptica, hay una zona anterior en la cual se controla la conducta del macho (juegos violentos, rivalidad por territorios, curiosidad por las niñas, disfrazada de rechazo -club de Tobi-) en los mamíferos y primates, y su tamaño en los hombres es el doble que en las mujeres. En dicha zona no se muestra diferencia entre las mujeres y los homosexuales pasivos.

Por otro lado, el núcleo anterior del hipotálamo es el que organiza la conducta receptiva de la mujer, y se ha observado que en el hombre heterosexual es pequeño y en el hombre homosexual tiene un tamaño mayor.

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