La isla de Holbox, como se conoce, y cuyo significado en maya es Hoyo negro, se encuentra ubicada al norte del estado de Quintana Roo. Holbox en sí no es una isla, sino es una fractura geológica formada por una serie de depresiones lineales que se encuentran paralelas entre sí, en dirección norte-sureste, y tienen una profundidad de uno a dos metros, fractura que forma largas zanjas de varios kilómetros.
     Gracias a esta fractura natural, Holbox tiene una gran variedad de ecosistemas y asociaciones vegetales únicas en México tales como: sabanas, selvas inundables, palmares, tulares, popales,* tintales,** zapotonales y demás, así como algunas lagunas perennes, las famosas aguadas y uno que otro cenote.
     La isla se encuentra dentro de la región de Yalahau, que en maya significa donde brota el agua, y Yalahau está llena de humedales con poco más de 124,000 hectáreas.
Científicamente, la región es una joya, hablando de biodiversidad, pues se tiene registradas más de 250 especies de algas, un poco más de 400 especies de aves, así como una gran gama de reptiles, mamíferos e insectos, además de tener un número elevado de animales endémicos.