En este ámbito de la investigación es importante no sólo prestar atención a las cuestiones morales relacionadas con dilemas éticos, sino también garantizar la protección adecuada de los sujetos reclutados con el fin de participar en investigaciones biomédicas o de quienes buscan esperanza para aliviar un sufrimiento que hasta hoy no tiene tratamiento (párkinson, alzhaimer y esclerosis lateral amiotrófica).

El potencial científico y terapéutico de las células troncales embrionarias (células troncales pluripotentes) se basa en su capacidad de renovación indefinida y facultad para diferenciarse entre una amplia gama de células especializadas, formando diferentes tipos de tejido. Aunque la reprogramación de células somáticas ahora ofrece una posible fuente alternativa de células troncales pluripotentes (llamadas células madre pluripotentes inducidas [iPSC]), aún no está claro si iPSC pueda remplazar a las embrionarias por completo, ya sea en términos científicos o considerando valor terapéutico.
El tema ético que ha suscitado más debate sobre la investigación con células troncales es, por supuesto, el hecho de que la derivación de células troncales embrionarias requiere la destrucción de embriones.
El estatus moral sigue siendo esencial para el debate ético y político sobre las células troncales embrionarias. Los argumentos contra la investigación a menudo se basan en la atribución de un estatus moral y jurídico de una persona a etapas temparanas del embrión humano (cigoto y blastocisto), atribuyéndole santidad y dignididad humanas, posicionamientos, principalmente, promovidos por doctrinas religiosas.
Otras objeciones éticas incluyen el argumento de la pendiente resbaladiza, señalando que la investigación en etapas tempranas del embrión humano para la derivación de células troncales pluripotentes podría llevar a otros actos supuestamente inmorales, como la clonación reproductiva humana y la mercantilización del ser humano.
La continua falta de consenso sobre el estatus moral del embrión y, por lo tanto, la permisibilidad de la investigación en células troncales pluripotentes ha significado problemas para el desarrollo de la regulación, como la polarización del debate y la aparente irreconciliabilidad de argumentos opuestos, pues los diferentes puntos de vista éticos, religiosos y científicos dificultan llegar a una posición reguladora en la que todas las perspectivas puedan encontrar acuerdo mínimo.
Las posiciones no religiosas sobre la permisibilidad de la investigación sobre células troncales embrionarias se basan en que ésta conducirá al descubrimiento de curas y terapias capaces de salvar vidas y aliviar el sufrimiento humano.
Otros argumentos establecen que el estatus moral del embrión depende de la posesión de características particulares con capacidades o propiedades, tales como la racionalidad o, al menos, la capacidad para sentir de las células embrionarias contenidas en el cigoto y blastocisto; no obstante, si carecen de cualesquiera de estos elementos, no tienen un valor moral inherente en sí mismo. Tal visión no es incompatible con el reconocimiento de que las etapas tempranas del embrión humano deben ser tratadas con respeto, debido a su valor como comienzo de la vida humana.
Sin embargo, y siguiendo el cálculo utilitario, el valor sacrificado en la destrucción de embriones respecto al peso de los beneficios de la investigación no es el de la vida embrionaria por sí misma, sino como sujeto de investigación. Siguiendo esta línea de argumentación, el resultado, generalmente, caerá a favor de persistir en la investigación que proporcionará beneficios para la salud y salvará vidas, dada la fortaleza de nuestros intereses.

En estos extremos, de hecho, en relación con el uso de embriones sobrantes de la fertilización asistida, se ha sugerido que, si éstos serán descartados de cualquier manera, no sólo está justificado usarlos para una investigación beneficiosa (el argumento: “nada se pierde”), pues se demuestra más respeto al utilizarlos con este valioso propósito que simplemente descartarlos en un bote de basura de laboratorio o clínica de reproducción asistida.